Pracovní postup 
    Jak mám postupovat, pokud mám problém se ztotožněním parcely? 
V případě, že máte problém se ztotožněním parcely, postupujte dle tohoto vzoru: Pokud hodláte zadat například stavební parcelu 57 v katastrálním území Zlosyň, zadejte ji jako  st. 57. 
Jaký je rozdíl mezi záměry v Celá ČR a Můj úřad? 
Bezprostředně po odeslání žádosti žadatelem se záměr zobrazí v části Celá ČR se základními údaji (bez osobních údajů a bez dokumentace), kde záměr zůstává dostupný po celou dobu. Administrátor vidí celý detail. Uživatel, pod jehož úřad záměr nepatří, vidí jen základní informace. Úředník, který daný záměr vložil, jej i v této časté vidí v plném detailu, aniž by v něm dosud založil řízení. 
V části Můj úřad se záměr objeví až poté, co přijde předmětná žádost do ISSŘ danému úřadu (zobrazí se nový úkol) a dojde ke zpracování žádosti – tedy zařazení do spisu řízení a přiřazení záměru k danému řízení. Pod Můj úřad uživatel vidí všechny záměry, které buď vytvořil, nebo které jsou na jeho organizaci v řízení navázané. Jeden úřad může mít pod záložkou Můj úřad i více organizací. Typicky v případě, kdy je nad záměrem rozběhnuto více řízení, která se vedou u jiných organizací (např. stavební řízení vedené u stavebního úřadu a vyjádření vedené u dotčeného orgánu).  
Jak postupovat při obdržení analogové námitky nebo odvolání žadatele?  
Po obdržení analogové námitky nebo odvolání žadatele stavební úřad postupuje následovně:  
Dokument naskenuje. 
Vytvoří dokument doručený. 
Do dokumentu vloží hlavní dokument – námitku, nebo odvolání. 
Na základě čísla jednacího fyzického dokumentu najde řízení, do kterého je námitka nebo odvolání vloženo. 
 Jakým způsobem lze nahlížet do spisů v ISSŘ? 
Oprávněné osoby mohou nahlížet do spisů osobně na příslušném stavebním úřadě, kde jim bude poskytnut prostředek k nahlédnutí.  
 Proč vidím přiložené dokumenty jinak než můj kolega?   
V takovém případě nejspíše nahlížíte na dokumenty v různých záložkách. Jeden pohled může být skrze záložku Dokument, druhý pak skrze záložku Záměr. Pokud bude zvolen stejný pohled, budou vidět stejné informace. Do dokumentů se dostanete v menu vlevo Dokumenty, kde následně dokument vyhledáte např. podle jména.   
Mezi jednotlivými dokumenty a záměry existují prolinky. Na detailu záměru je záložka Dokumenty. Naopak dokument má v detailu záložku Záměr.   
Nelze mi ztotožnit účastníka. Co mám dělat? 
Pokud Vám systém neumožňuje ztotožnění, může to být z těchto důvodů: 
Existuje osoba shodného jména a data narození: V takovém případě je potřeba nejprve ztotožnit adresu. Na kartě účastníka řízení, kterého chcete ztotožnit, v poli Adresa pobytu klikněte na uvedenou adresu. Zobrazí se Vám podokno adresy pobytu a vpravo nahoře v prvním řádku je ikona lupy pro její ověření. Klikněte na ověření. Po ověření okno zavřete a ověřte účastníka lupou v pravém horním rohu. 
Jedná se o zahraničního účastníka: V tomto případě postupujte následovně.
U příslušného řízení přejděte na záložku Účastníci a klikněte na tlačítko Přidat osobu. 
V zobrazeném formuláři vyplňte vztah osoby k řízení a způsob komunikace. V tomto případě datovou schránkou.  
Vyberte, zda se jedná o fyzickou, právnickou či fyzickou osobu podnikající. V tomto případě vyberte fyzickou osobu. Vyplňte její jméno a datum narození. Zcela dole zaškrtněte políčko „Nelze ztotožnit”. Bližší informace k vyplnění dalších náležitostí této osoby naleznete v obecné příručce. V záložce Účastníci je vložena nová osoba, u které není zobrazeno tlačítko Ověřit osobu a v kolonce Datum ztotožnění je uvedeno „Nelze ztotožnit”. Tento stav je však správný. 
Jak probíhá předávání dokumentů a spisů v ISSŘ? 
ISSŘ umožňuje předávání spisů a dokumentů: 
mezi zaměstnanci jednoho úřadu tlačítkem Změna zpracovatele; 
mezi různými úřady (v případě formuláře 4 a 8), a to následujícími tlačítky: 
Postoupení spisu; 
Vyjádření orgánu; 
záložka Účastníci, tlačítko Přidání obce. 
Jak postupovat při postoupení řízení jinému úřadu?  
Postoupení pro nepříslušnost je třeba učinit ihned. Nicméně je nejprve potřeba splnit úkol "Určit způsob zpracování dokumentu", a to způsobem "založit nové řízení". V řízení musí být vytvořen dokument odůvodňující postoupení (dokument vlastní), následně splněn úkol v řízení "Určit příslušnost úřadu", a to zaškrtnutím možnosti nepříslušné. Následně je vložen vytvořený vlastní dokument (usnesení), vybrán úřad, kterému má být posoutpeno. Potvrzením je řízení předáno. 
Umí ISSŘ fulltextově vyhledávat? 
V současné době fulltextové vyhledávání není možné, na vývoji této funkce se pracuje. 
 
Jak máme vést řízení o pasportu staveb v ISSŘ? 
V současné době takové řízení v ISSŘ není možné, na této možnosti se aktuálně pracuje.