V programovém období 2021-27 existuje jediný metodický pokyn pro dotované veřejné zakázky, který je uveřejněn na DotaceEU - Metodický pokyn pro oblast zadávání zakázek. K metodickému pokynu jsou uveřejněna 4 metodická stanoviska (novely).  

Z jednání s NOK vyplývá, že v současnosti jednotlivé řídící orgány trvají na možnosti odlišných úprav (doplnění), která zohledňují specifika jednotlivých programů. MMR (NOK) aktuálně nemá pravomoc řídícím orgánům odchylky zakázat. Předpokládá se, že uvedená problematika bude řešena v rámci přípravy Jednotného národního rámce (JNR) pro období 28+. Bude-li v novém programovém období existovat jen jeden operační program, neměl by se dále uvedený problém vyskytovat.